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組織架構

所長為本所行政首長，遵照董事會之方針及決議，綜理本所業務。置副所長一至二人，輔助所長辦理行政事務及研究業務。下設產品及製程研發中心、生物資源保存及研究中心、檢驗技術研發及服務中心、技術服務及推廣中心、南台灣服務中心、食品產業學院、驗證服務中心、企劃室、行政室、及會計室。室暨中心各設主任一人，副主任一至三人，負責處理室、中心業務。

食品工業研究所單位及其負責人一覽表
董事會	董事長	謝孟璋
所長室	所長	廖啓成
	副所長	方 繼
生物資源保存及研究中心	主任	朱文深
	副主任	謝松源
	副主任	賴進此
技術服務及推廣中心	主任	彭瑞森
食品產業學院	主任	方   繼(兼)
	副主任	陳玉芬
南台灣服務中心	主任	楊炳輝
	副主任	李建財
	副主任	陳禹銘
產品及製程研發中心	主任	蔡孟貞
	副主任	陳仲仁
	副主任	黃書政
檢驗技術研發及服務中心	主任	張惠淑
	副主任	楊筱冬
驗證服務中心	主任	傅偉光
企劃室	主任	簡相堂
行政室	主任	陳建生
會計室	主任	張超艇